| 1 | - | | 33 | Euskaltel - Euskadi | 03:51:07 |
| 2 | - | | 32 | Katusha Team | " |
| 3 | - | | 27 | Movistar Team | + 04 |
| 4 | - | | 33 | Geox - TMC | " |
| 5 | - | | 30 | Movistar Team | " |
| 6 | - | | 35 | Movistar Team | + 08 |
| 7 | - | | 30 | Geox - TMC | " |
| 8 | - | | 36 | Geox - TMC | " |
| 9 | - | | 26 | Saur - Sojasun | + 10 |
| 10 | - | | 23 | Orbea Continental | + 12 |
| 11 | - | | 28 | Euskaltel - Euskadi | " |
| 12 | - | | 27 | Euskaltel - Euskadi | + 14 |
| 13 | - | | 25 | Colombia es Pasion - Cafe de Colombia | " |
| 14 | - | | 24 | Geox - TMC | + 19 |
| 15 | - | | 30 | Saur - Sojasun | + 20 |
| 16 | - | | 25 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 17 | - | | 29 | Movistar Team | " |
| 18 | - | | 25 | Andalucia Caja Granada | + 23 |
| 19 | - | | 32 | Geox - TMC | " |
| 20 | - | | 26 | FDJ | + 25 |
| 21 | - | | 31 | Androni Giocattoli | + 26 |
| 22 | - | | 25 | Saur - Sojasun | " |
| 23 | - | | 29 | Colombia es Pasion - Cafe de Colombia | " |
| 24 | - | | 29 | Katusha Team | + 29 |
| 25 | - | | 30 | Geox - TMC | + 33 |
| 26 | - | | 21 | Geox - TMC | " |
| 27 | - | | 22 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 28 | - | | 29 | Andalucia Caja Granada | " |
| 29 | - | | 25 | Movistar Team | + 36 |
| 30 | - | | 31 | Movistar Team | + 38 |
| 31 | - | | 24 | Acqua & Sapone | " |
| 32 | - | | 22 | Skil - Shimano | " |
| 33 | - | | 23 | Colombia es Pasion - Cafe de Colombia | " |
| 34 | - | | 20 | FDJ | " |
| 35 | - | | 29 | Katusha Team | " |
| 36 | - | | 23 | Katusha Team | " |
| 37 | - | | 28 | Katusha Team | " |
| 38 | - | | 38 | Acqua & Sapone | " |
| 39 | - | | 29 | Andalucia Caja Granada | + 46 |
| 40 | - | | 42 | Caja Rural | " |
| 41 | - | | 30 | Katusha Team | + 48 |
| 42 | - | | 21 | Androni Giocattoli | + 50 |
| 43 | - | | 29 | Acqua & Sapone | " |
| 44 | - | | 21 | Movistar Team | " |
| 45 | - | | 25 | Caja Rural | + 52 |
| 46 | - | | 21 | Burgos 2016 - Castilla y Leon | " |
| 47 | - | | 24 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 48 | - | | 22 | Colombia es Pasion - Cafe de Colombia | + 54 |
| 49 | - | | 25 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 50 | - | | 29 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 51 | - | | 32 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 52 | - | | 27 | Skil - Shimano | " |
| 53 | - | | 25 | Saur - Sojasun | " |
| 54 | - | | 20 | Skil - Shimano | " |
| 55 | - | | 20 | Burgos 2016 - Castilla y Leon | " |
| 56 | - | | 27 | Caja Rural | " |
| 57 | - | | 22 | Orbea Continental | " |
| 58 | - | | 23 | Orbea Continental | + 59 |
| 59 | - | | 21 | Euskaltel - Euskadi | " |
| 60 | - | | 35 | Andalucia Caja Granada | " |
| 61 | - | | 28 | Colombia es Pasion - Cafe de Colombia | " |
| 62 | - | | 23 | Androni Giocattoli | + 01:03 |
| 63 | - | | 28 | Burgos 2016 - Castilla y Leon | + 01:07 |
| 64 | - | | 26 | FDJ | + 01:12 |
| 65 | - | | 22 | Burgos 2016 - Castilla y Leon | + 01:14 |
| 66 | - | | 31 | Euskaltel - Euskadi | + 01:18 |
| 67 | - | | 37 | Katusha Team | + 01:22 |
| 68 | - | | 33 | Andalucia Caja Granada | " |
| 69 | - | | 21 | Androni Giocattoli | " |
| 70 | - | | 21 | Geox - TMC | + 01:24 |
| 71 | - | | 26 | Saur - Sojasun | " |
| 72 | - | | 21 | Orbea Continental | " |
| 73 | - | | 38 | Acqua & Sapone | " |
| 74 | - | | 37 | Colombia es Pasion - Cafe de Colombia | " |
| 75 | - | | 37 | Acqua & Sapone | " |
| 76 | - | | 28 | Colombia es Pasion - Cafe de Colombia | " |
| 77 | - | | 21 | Saur - Sojasun | " |
| 78 | - | | 32 | Colombia es Pasion - Cafe de Colombia | " |
| 79 | - | | 21 | Euskaltel - Euskadi | + 01:31 |
| 80 | - | | 25 | Andalucia Caja Granada | + 01:33 |
| 81 | - | | 26 | Androni Giocattoli | + 01:51 |
| 82 | - | | 22 | Burgos 2016 - Castilla y Leon | + 01:53 |
| 83 | - | | 21 | Andalucia Caja Granada | + 02:05 |
| 84 | - | | 25 | Caja Rural | + 02:10 |
| 85 | - | | 24 | Caja Rural | + 02:21 |
| 86 | - | | 27 | Skil - Shimano | + 02:29 |
| 87 | - | | 30 | Saur - Sojasun | " |
| 88 | - | | 31 | Euskaltel - Euskadi | " |
| 89 | - | | 28 | FDJ | " |
| 90 | - | | 34 | Androni Giocattoli | " |
| 91 | - | | 20 | Caja Rural | " |
| 92 | - | | 22 | Skil - Shimano | " |
| 93 | - | | 39 | FDJ | " |
| 94 | - | | 34 | Euskaltel - Euskadi | " |
| 95 | - | | 21 | Orbea Continental | " |
| 96 | - | | 25 | Orbea Continental | " |
| 97 | - | | 32 | Acqua & Sapone | " |
| 98 | - | | 25 | Caja Rural | + 02:40 |
| 99 | - | | 31 | Katusha Team | + 03:09 |
| 100 | - | | 28 | Acqua & Sapone | + 03:10 |
| 101 | - | | 38 | Movistar Team | + 03:18 |
| 102 | - | | 18 | Burgos 2016 - Castilla y Leon | " |
| 103 | - | | 23 | Burgos 2016 - Castilla y Leon | " |
| 104 | - | | 23 | Orbea Continental | + 03:20 |
| 105 | - | | 22 | Andalucia Caja Granada | + 03:21 |
| 106 | - | | 24 | Skil - Shimano | " |
| 107 | - | | 27 | Saur - Sojasun | + 03:24 |
| 108 | - | | 23 | Skil - Shimano | + 03:40 |
| 109 | - | | 22 | Caja Rural | + 03:41 |
| 110 | - | | 27 | FDJ | + 04:09 |
| 111 | - | | 26 | Skil - Shimano | + 04:11 |
| 112 | - | | 24 | FDJ | + 04:13 |
| 113 | - | | 22 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 114 | - | | 26 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 115 | - | | 22 | Orbea Continental | + 04:16 |
| 116 | - | | 40 | Androni Giocattoli | + 04:20 |
| 117 | - | | 30 | Acqua & Sapone | + 04:43 |
| 118 | - | | 30 | Androni Giocattoli | " |
| 119 | - | | 32 | Burgos 2016 - Castilla y Leon | + 13:18 |