| 1 | - | | 30 | Perutnina Ptuj | 07:48 |
| 2 | - | | 24 | Liquigas - Cannondale | + 03 |
| 3 | - | | 26 | Liquigas - Cannondale | + 06 |
| 4 | - | | 28 | Farnese Vini - Neri Sottoli | + 07 |
| 5 | - | | 27 | D'Angelo & Antenucci - Nippo | + 08 |
| 6 | - | | 21 | Lampre - ISD | + 09 |
| 7 | - | | 36 | Team Saxo Bank - SunGard | + 10 |
| 8 | - | | 21 | Geox - TMC | + 11 |
| 9 | - | | 24 | Geox - TMC | + 15 |
| 10 | - | | 22 | Topsport Vlaanderen - Mercator | + 17 |
| 11 | - | | 37 | Lampre - ISD | " |
| 12 | - | | 29 | Cofidis | " |
| 13 | - | | 29 | Perutnina Ptuj | + 18 |
| 14 | - | | 33 | Cofidis | " |
| 15 | - | | 36 | Geox - TMC | + 19 |
| 16 | - | | 20 | Cofidis | + 20 |
| 17 | - | | 30 | Liquigas - Cannondale | " |
| 18 | - | | 23 | Team Saxo Bank - SunGard | " |
| 19 | - | | 22 | Liquigas - Cannondale | + 21 |
| 20 | - | | 28 | Acqua & Sapone | " |
| 21 | - | | 23 | Adria Mobil | " |
| 22 | - | | 22 | Adria Mobil | " |
| 23 | - | | 24 | Lampre - ISD | " |
| 24 | - | | 22 | Cofidis | " |
| 25 | - | | 35 | Adria Mobil | + 22 |
| 26 | - | | 26 | Lampre - ISD | " |
| 27 | - | | 29 | Sava | " |
| 28 | - | | 21 | Liquigas - Cannondale | " |
| 29 | - | | 26 | Perutnina Ptuj | " |
| 30 | - | | 32 | Loborika Favorit Team | + 23 |
| 31 | - | | 25 | Lampre - ISD | " |
| 32 | - | | 29 | Perutnina Ptuj | " |
| 33 | - | | 25 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 34 | - | | 26 | Cofidis | " |
| 35 | - | | 37 | Team Saxo Bank - SunGard | + 24 |
| 36 | - | | 37 | Acqua & Sapone | " |
| 37 | - | | 24 | Sava | + 25 |
| 38 | - | | 26 | Farnese Vini - Neri Sottoli | " |
| 39 | - | | 23 | Liquigas - Cannondale | " |
| 40 | - | | 25 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 41 | - | | 24 | Lampre - ISD | + 26 |
| 42 | - | | 36 | D'Angelo & Antenucci - Nippo | " |
| 43 | - | | 36 | Geox - TMC | + 27 |
| 44 | - | | 20 | Radenska | " |
| 45 | - | | 24 | Cofidis | + 28 |
| 46 | - | | 27 | Sava | " |
| 47 | - | | 33 | Perutnina Ptuj | " |
| 48 | - | | 25 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 49 | - | | 29 | Loborika Favorit Team | + 29 |
| 50 | - | | 29 | Farnese Vini - Neri Sottoli | + 30 |
| 51 | - | | 30 | Perutnina Ptuj | " |
| 52 | - | | 30 | Geox - TMC | " |
| 53 | - | | 25 | Geox - TMC | " |
| 54 | - | | 29 | Adria Mobil | " |
| 55 | - | | 28 | Topsport Vlaanderen - Mercator | + 31 |
| 56 | - | | 23 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 57 | - | | 26 | Team Saxo Bank - SunGard | + 32 |
| 58 | - | | 22 | Sava | " |
| 59 | - | | 36 | Lampre - ISD | " |
| 60 | - | | 29 | Lampre - ISD | " |
| 61 | - | | 18 | Radenska | " |
| 62 | - | | 19 | Radenska | + 33 |
| 63 | - | | 25 | Acqua & Sapone | " |
| 64 | - | | 28 | Liquigas - Cannondale | " |
| 65 | - | | 31 | Konya Torku Seker Spor - Vivelo | + 34 |
| 66 | - | | 21 | Team Saxo Bank - SunGard | " |
| 67 | - | | 29 | Topsport Vlaanderen - Mercator | + 35 |
| 68 | - | | 29 | Adria Mobil | " |
| 69 | - | | 22 | D'Angelo & Antenucci - Nippo | " |
| 70 | - | | 32 | Adria Mobil | " |
| 71 | - | | 34 | Team Saxo Bank - SunGard | + 36 |
| 72 | - | | 21 | Radenska | " |
| 73 | - | | 20 | Adria Mobil | " |
| 74 | - | | 28 | Loborika Favorit Team | + 37 |
| 75 | - | | 23 | Perutnina Ptuj | " |
| 76 | - | | 33 | Konya Torku Seker Spor - Vivelo | + 38 |
| 77 | - | | 29 | D'Angelo & Antenucci - Nippo | " |
| 78 | - | | 32 | Acqua & Sapone | " |
| 79 | - | | 28 | Acqua & Sapone | + 39 |
| 80 | - | | 22 | Topsport Vlaanderen - Mercator | " |
| 81 | - | | 25 | D'Angelo & Antenucci - Nippo | " |
| 82 | - | | 22 | Geox - TMC | + 40 |
| 83 | - | | 26 | Acqua & Sapone | " |
| 84 | - | | 23 | Loborika Favorit Team | + 41 |
| 85 | - | | 28 | Farnese Vini - Neri Sottoli | + 42 |
| 86 | - | | 32 | Loborika Favorit Team | " |
| 87 | - | | 29 | Acqua & Sapone | + 43 |
| 88 | - | | 30 | Perutnina Ptuj | + 45 |
| 89 | - | | 26 | Farnese Vini - Neri Sottoli | + 46 |
| 90 | - | | 19 | Sava | + 47 |
| 91 | - | | 37 | Konya Torku Seker Spor - Vivelo | " |
| 92 | - | | 23 | Sava | + 48 |
| 93 | - | | 35 | Konya Torku Seker Spor - Vivelo | + 50 |
| 94 | - | | 31 | Loborika Favorit Team | + 51 |
| 95 | - | | 26 | Loborika Favorit Team | + 52 |
| 96 | - | | 20 | Sava | " |
| 97 | - | | 22 | Farnese Vini - Neri Sottoli | " |
| 98 | - | | 24 | D'Angelo & Antenucci - Nippo | + 53 |
| 99 | - | | 24 | Adria Mobil | " |
| 100 | - | | 22 | Liquigas - Cannondale | + 54 |
| 101 | - | | 28 | Konya Torku Seker Spor - Vivelo | + 55 |
| 102 | - | | 23 | Konya Torku Seker Spor - Vivelo | " |
| 103 | - | | 21 | Loborika Favorit Team | + 57 |
| 104 | - | | 19 | Radenska | + 01:05 |
| 105 | - | | 18 | Radenska | + 01:07 |
| 106 | - | | 18 | Radenska | + 01:11 |
| 107 | - | | 22 | Geox - TMC | + 01:13 |
| 108 | - | | 25 | D'Angelo & Antenucci - Nippo | + 01:15 |
| 109 | - | | 22 | Konya Torku Seker Spor - Vivelo | + 01:17 |
| 110 | - | | 18 | Sava | " |
| 111 | - | | 22 | Farnese Vini - Neri Sottoli | + 01:21 |
| 112 | - | | 26 | D'Angelo & Antenucci - Nippo | + 01:26 |
| 113 | - | | 18 | Radenska | + 01:27 |
| 114 | - | | | Konya Torku Seker Spor - Vivelo | + 01:38 |
| 115 | - | | 25 | Farnese Vini - Neri Sottoli | " |